サクサクデータ表示

GenomeJack Browserは次世代シーケンサーのためのゲノムブラウザーです。NGSのような大量リードでもサクサクと軽快にブラウジングできることが特徴です

各種フォーマットに対応

各種NGSデータフォーマットに対応しており、様々な形式で表示させることができます

こんな機能欲しかった!

ブックマーク機能、アノテーション一覧の表示など、「こんな機能が欲しかった!」と言われる便利機能が盛りだくさんです

対応フォーマット一覧

GenomeJack Browserは、NGS解析で必要になるほとんどのフォーマットに対応しています

名称 説明 URL
SAM/BAM ゲノムにマッピングされたリード http://samtools.sourceforge.net/
BED/BEDGraph ゲノムアノテーション情報 https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1, https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/bedgraph.html
Wig/BigWig 量的情報 http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html
VCF 変異解析結果のフォーマット http://www.1000genomes.org/wiki/Analysis/Variant%20Call%20Format/vcf-variant-call-format-version-41
GTF/GFF 遺伝子構造情報 http://mblab.wustl.edu/GTF22.html
TSV/CSV タブ(カンマ)区切りであれば、どんなカラム構成のファイルでも読み込めます(ただし、染色体名、開始位置、終了位置が必要)