BED Graph

 BED Graphは連続性の有るデータを表示させるためのフォーマットです。probability scores やtranscriptome dataを表示させる際に使われます。BED Graphは各行ごとに一つのデータを表します。中身はBED formatと同様に、タブ区切りのテキストファイルですが、データを可視化する際の様々なオプションを設定するためのtrack definition lineがファイルの頭に記述されています。決まりとして、track definition lineはtrack type=bedGraphから始まり、各オプションはスペース区切りで一行に記述します。StartとEndの位置が同じ場合、データの範囲はStartの位置から1base分として扱われます。
オプションのリスト
名称 記述方法 デフォルト
name trackLabel User Track
description centerlabel User Supplied Track
visibility full | dense | hide hide
color RRR,GGG,BBB 255,255,255
altColor RRR,GGG,BBB 128,128,128
priority N 100
autoScale on | off on
alwaysZero on | off off
gridDefault on | off off
maxHeightPixels max:default:min 128:128:11
graphType bar | points bar
viewLimits lower:upper データから自動作成した範囲
yLineMark real-value 0.0
yLineOnOff on | off off
windowingFunction maximum | mean | minimum maximum
smoothingWindow off | [2-16] off
例)
track type=bedGraph name="BedGraph Format" description="BedGraph format" visibility=full color=200,100,0 altColor=0,100,200 priority=20
hs_ch01  59302000 59302300 -1.0
hs_ch01  59302300 59302600 -0.75
hs_ch01  59302600 59302900 -0.50
hs_ch01  59302900 59303200 -0.25
hs_ch01  59303200 59303500 0.0
hs_ch01  59303500 59303800 0.25
hs_ch01  59303800 59304100 0.50
hs_ch01  59304100 59304400 0.75
hs_ch01  59304400 59304700 1.00