簡単データ解析

Linuxの操作方法を覚えなくても、GenomeJack AnalysisならGUI操作だけでNGSデータ解析できます

各種解析に対応

RNA-Seq、ChIP-Seqなど各種二次解析のためのツールが搭載されていますので、各種研究ニーズに確実に対応できます

GenomeJack Browserで可視化！

解析結果は自動的にGenomeJack Browserでビジュアライズされますので、すぐにゲノム、テーブルで結果を確認できます

解析ツール一覧

解析分野 ツール名 URL
マッピング BWA http://bio-bwa.sourceforge.net/
Bowtie http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml
Bowtie2 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
RNA-Seq Tophat http://tophat.cbcb.umd.edu/
Cufflinks http://cufflinks.cbcb.umd.edu/
ChIP-Seq MACS https://github.com/taoliu/MACS/
変異解析 GATK-lite http://www.broadinstitute.org/gatk/download
samtools mpileup http://samtools.sourceforge.net/
SnpEff http://snpeff.sourceforge.net/
cnD http://www.sanger.ac.uk/resources/software/cnd/
ユーティリティー Fastx toolkit http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/
FastQC http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/