GenomeJack Browserは次世代シーケンサーのためのゲノムブラウザーです。NGSのような大量リードでもサクサクと軽快にブラウジングできることが特徴です
各種NGSデータフォーマットに対応しており、様々な形式で表示させることができます
ブックマーク機能、アノテーション一覧の表示など、「こんな機能が欲しかった!」と言われる便利機能が盛りだくさんです
GenomeJack Browserは、NGS解析で必要になるほとんどのフォーマットに対応しています
名称 | 説明 | URL |
---|---|---|
SAM/BAM | ゲノムにマッピングされたリード | http://samtools.sourceforge.net/ |
BED/BEDGraph | ゲノムアノテーション情報 | https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1, https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/bedgraph.html |
Wig/BigWig | 量的情報 | http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html |
VCF | 変異解析結果のフォーマット | http://www.1000genomes.org/wiki/Analysis/Variant%20Call%20Format/vcf-variant-call-format-version-41 |
GTF/GFF | 遺伝子構造情報 | http://mblab.wustl.edu/GTF22.html |
TSV/CSV | タブ(カンマ)区切りであれば、どんなカラム構成のファイルでも読み込めます(ただし、染色体名、開始位置、終了位置が必要) |